药物化学为药学专业四大核心课程之首，自2000年药学院成立以来，药物化学教学、科研团队承担了我校药学教育的教学、科研任务，迄今已走过了22年发展历程。2003年，药学院增设“制药工程”本科专业，专业建设点设在药物化学教研室。
2011年药物化学、天然药物化学建设成了2门省级精品课程，2013年卓越工程师项目——“制药工程”获山东省教育厅立项，2014年建设成立了“制药技术研究所”，2013年“药物化学”学术学位研究生开始招生，2019年药学专硕开始招生，其中包括药物化学方向。本学科经过多年的建设和发展，学科建设水平与教学科研实力的跨越式发展，形成了以药物化学、天然药物化学为主体，以药学院为依托，多专业多学科相互渗透、优势互补，集药物设计、筛选、合成、简单的活性评价及本专科、研究生人才培养于一体的技术平台和团队优势，已成为药学院各专业快速发展和硕士研究生培养的重要教学科研基地。
在人才队伍建设方面，“药物化学”团队引进泰山学者外聘专家1人，现有两个教研室，专业技术人员16人，其中教授7人、高级实验师2人，副教授5人，具有博士学位12人，硕士学位4人。硕士生导师9名。团队成员的学历、职称、年龄和知识结构合理，科研、教学的创新能力明显提升，是一支朝气蓬勃、充满活力的教学、科研团队。
本学科已形成了药物设计与合成、药物及药物中间体的工艺研究、天然活性物质的提取与结构修饰、有机合成方法学研究、荧光探针设计及生物结构探测研究、生物活性纳米材料的研究等六个研究方向。近五年，学科获得上级科研项目33项、获得科研经费278万元，其中国家自然科学基金5项、省部级项目9项、厅局级项目15项、横向项目4项；发表SCI论文62篇，人均发表SCI论文数及人均影响因子名列全院第一，授权发明专利13项；主干课程《药物化学》获山东省一流本科课程，出版教材8部；获上级教学、科研成果奖5项，指导研究生获奖6项。
